В далеком будущем Земля была уничтожена космическими пришельцами Гауна. Ее жители бежали в космос, превратив осколки родной планеты в гигантские корабли, но сбить врага со следа не удалось. «Сидония» - один из кораблей-миров, что ищет новый дом, отбиваясь от Гауна, монстров-оборотней с каменной броней. Главная защита ковчега - боевые роботы-Стражи, обладающие оружием, способным уничтожить чужаков. Хотя люди за сотни лет полета всячески улучшали себя (например, освоив фотосинтез), достойных пилотов для Стражей мало, и командование не отбрасывает никого, даже весьма странных личностей.

Нагатэ вырос на заброшенных нижних уровнях, зная только своего деда Хироки. Единственной отрадой парня был старинный пилотский тренажер. Но вот дед умер, еда кончилась, житель подземелья подался на поиски и вскоре попал к военным, которые оценили его талант, развитый бесчисленными тренировками. Теперь Нагатэ – молодой пилот, настоящий рыцарь «Сидонии», а присматривать за «диким» приставили симпатичную курсантку Сидзуку. Пускай Гауна вокруг корабля давно не видели, они все равно где-то рядом. А вот тогда главный герой сполна отработает свой рис, ибо настоящему мужчине заниматься фотосинтезом не к лицу!